آية الله الحاج السيد مجتبى خامنئي هو الابن الثاني للقائد والمرجع آية الله العظمى السيد علي خامنئي، وُلد عام 1969 في مشهد.
درس المقدمات الحوزوية في مدرسة آية الله مجتهدي الطهراني، وشارك خلال الحرب الإيرانية-العراقية مع المقاتلين في جبهات القتال. وبعد انتهاء الحرب توجّه عام 1989 إلى قم لإكمال دراسته الحوزوية وبقي هناك حتى أوائل عام 1992.
عاد عام 1992 إلى طهران لمدة خمس سنوات لمتابعة دراسته، ثم تزوج عام 1997 من السيدة زهرا حداد عادل ( قتلت مع السيد خامنئي)وفي العام نفسه عاد إلى قم لإكمال دراسته والاستفادة من أجوائها العلمية والروحية.
تلقى دروس المراحل العليا على أيدي عدد من علماء قم، منهم أحمدي ميانجي ورضا أستادي وأوسطي وغيرهم، كما حضر دروس البحث الخارج في الفقه والأصول لدى والده آية الله العظمى خامنئي، إضافة إلى آيات الله جواد تبريزي وحسين وحيد خراساني وسيد موسى شبيري زنجاني ومجتبى طهراني ومحمد مؤمن القمي.
شارك لأكثر من 17 عامًا في تدريس دروس البحث الخارج، وكتب تقارير علمية باللغة العربية وناقش القضايا العلمية مع أساتذته، ما لفت اهتمام عدد من كبار العلماء. وقد جمع بين الموهبة والاجتهاد والدقة العلمية، ما أدى إلى طرح أفكار وتجديدات في علوم الحوزة، خصوصًا في الفقه والأصول وعلم الرجال.
ومن أبرز ميزاته امتلاكه منظومة فكرية متماسكة في العلوم الإسلامية والتزامه بمبانيه العلمية في مختلف أبحاثه.
